Aromaterapija je veoma dugo prisutna u civilizaciji. Aromaterapiju poznavali su i Grci i Rimljani, a u srednjem veku pomagala je u sprečavanju zaraze. Njome su se koristili iscelitelji Kine, Tibeta, Indije i srednjeg Istoka, a na njoj je gotovo u potpunosti bila zasnovana medicina staroga Egipta pre oko 5.000 godina.

Stari Egipćani su bili majstori masaže i stručnjaci za negu kože. Kraljici Kleopatri je aromaterapija bila najdraži način nege tela i duha. Kasnije, stari Grci i Rimljani takođe koriste biljke i njihova lekovita i mirisna svojstva u masaži, pri lečenju i u kozmetici. Arapske civilizacije u staro doba usavršavaju metodu destilacije biljnih ekstrakata i izrađuju recepture kako bi mogli da proizvodvode mirisna ulja. U istočnim civilizacijama terapija biljkama koristila se paralelno s akupunkturom. U srednjovekovnoj Evropi biljke su korišćene za prekrivanje podova u svrhu oplemenjivanja prostora i sprečavanja širenja zaraznih bolesti.

U novijoj istoriji, pojam aromaterapija uveo je francuski hemičar Rene Maurice Gattefosse, koji je 1937. godine, nakon eksplozije u svojoj labaratoriji, uronio opečene ruke u posudu sa eteričnim uljem lavande, nakon čega je odmah osetio olakšanje, a opekotine su zacelile iznenađujuće brzo. Sa Gattefossom, rođena je moderna aromaterapija. Gattefossé nije bio prvi istraživač koji je koristio eterična ulja u terapijske svrhe, niti je prvi o tome pisao, ali je bio jedini koji je prepoznao terapijsku primenu eteričnih ulja kao disciplinu samu po sebi.

Posle toga u Francuskoj su se novom naukom počeli baviti farmaceuti i lekari (1978. godine dr. Paul Balaiche objavljuje studiju o kliničkoj upotrebi eteričnih ulja u lečenju infektivnih i degenerativnih bolesti), pa je nastao pravac u medicini koji određene bolesti leči oralnim unošenjem eteričnih ulja u organizam.

Francuski hemičar Henri Viaud je 1980-ih godina objavio kriterijume čistoće i kvaliteta koje eterična ulja moraju da zadovoljavaju da bi bila pogodna za upotrebu u medicinske svrhe. Cela loza francuskih i belgijskih aromaterapeuta, uključujući i svetski poznate lekare i farmaceute kao što su Jean Valnet, Daniel Penoel, Dominique Baudoux, Christian Durraford i Jean-Claud Lapraz, dala je enorman medicinski doprinos razumevanju delovanja eteričnih ulja. Takav pristup, zbog frankofonosti njegovih predvodnika, naziva se francuska škola aromaterapije.